MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 plasmid pPECL-4

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016607	T	6	6	20	25	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016607	TGC	2	6	1636	1641	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016607	TA	3	6	1658	1663	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016607	CTC	2	6	1678	1683	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_016607	TTG	2	6	1684	1689	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016607	AAATG	2	10	2307	2316	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016607	ATA	2	6	2328	2333	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016607	CCT	2	6	3528	3533	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_016607	TAA	2	6	3844	3849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016607	CAG	2	6	3915	3920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_016607	TGA	2	6	3973	3978	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016607	ACT	2	6	4021	4026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_016607	CAA	2	6	4049	4054	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_016607	GCG	2	6	4057	4062	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016607	TGA	2	6	4141	4146	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016607	ACT	2	6	4233	4238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_016607	TGG	2	6	4271	4276	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016607	GAA	2	6	4316	4321	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016607	TGG	2	6	4469	4474	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016607	TA	3	6	4543	4548	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016607	AAG	2	6	4684	4689	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016607	AGT	2	6	4730	4735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016607	G	7	7	4742	4748	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016607	TAAA	2	8	5054	5061	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016607	TAA	2	6	5063	5068	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016607	TGA	2	6	5079	5084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016607	AAT	2	6	5884	5889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016607	AAGTTA	2	12	5965	5976	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016607	AGA	2	6	5985	5990	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016607	AC	3	6	6019	6024	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_016607	AAC	2	6	6025	6030	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_016607	GTTG	2	8	6035	6042	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016607	ACA	2	6	6085	6090	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_016607	AAAG	2	8	6110	6117	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016607	AGA	2	6	8260	8265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016607	TCA	2	6	8271	8276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_016607	A	6	6	8347	8352	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016607	T	6	6	8391	8396	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016607	AATC	2	8	8808	8815	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_016607	AAC	2	6	8833	8838	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_016607	GCT	2	6	8919	8924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_016607	TTA	2	6	8925	8930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016607	GCG	2	6	8988	8993	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_016607	AAC	2	6	9023	9028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_016607	AC	3	6	9044	9049	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_016607	AAC	2	6	9236	9241	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_016607	A	6	6	9323	9328	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016607	GAA	2	6	9375	9380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016607	TAAAA	2	10	9409	9418	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016607	A	6	6	9415	9420	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016607	CAA	2	6	9439	9444	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_016607	GTT	2	6	9464	9469	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016607	TAT	2	6	9504	9509	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016607	A	6	6	14712	14717	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016607	T	7	7	14742	14748	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016607	TACT	2	8	14757	14764	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_016607	AGG	2	6	14873	14878	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016607	CATTT	2	10	16090	16099	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016607	T	8	8	16124	16131	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016607	GAT	2	6	17858	17863	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016607	T	6	6	19377	19382	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016607	TAAG	2	8	19430	19437	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016607	ATT	2	6	20065	20070	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016607	GAA	2	6	20206	20211	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016607	TTTA	2	8	20318	20325	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016607	TGAA	2	8	20442	20449	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016607	TC	3	6	20978	20983	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_016607	GGT	2	6	21017	21022	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016607	CAT	2	6	21059	21064	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_016607	ATG	2	6	21085	21090	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016607	GACT	2	8	21154	21161	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_016607	TGTA	2	8	21178	21185	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016607	ACA	2	6	21222	21227	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016607	AG	3	6	21234	21239	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016607	AAG	2	6	21258	21263	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016607	CAC	2	6	22635	22640	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_016607	TTG	2	6	22687	22692	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016607	CTATTG	2	12	22708	22719	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016607	CATA	2	8	22754	22761	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_016607	ATTT	2	8	22771	22778	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016607	ATGT	2	8	22787	22794	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016607	TATAAA	2	12	22802	22813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016607	A	6	6	22811	22816	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016607	CCAA	2	8	22876	22883	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_016607	A	7	7	22904	22910	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016607	GTG	2	6	23019	23024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016607	CCTAA	2	10	23121	23130	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.